خلجی دانشآموخته حوزه علمیه تا دوره خارج بوده است.
وی مدتها شاگرد منتظری بوده است. خلجی پس از خروج از کشور به همکاری با رادیو فردا پرداخت. وی به عنوان پژوهشگر اسلامی با رادیو فردا و نیز بیبیسی رابطه داشته و دارد.
خلجی با گروه رسانهای سازمان یافته از سوی هلند برای مقابله با مبانی فکری نظام همکاری نزدیک داشته است.
وی پیش از اینکه به بیبیسی و سپس رادیو فردا بپیوندد در روزنامه انتخاب مدیر بخش اندیشه بود. وی هم اکنون در مؤسسه ضدایرانی واشنگتن فعالیت میکند.
خلجی چندین بار ازدواج کردهاست. همسر کنونی او مرجان شیخالاسلامی آل آقا است. خبر این ازدواج بعد از دادگاه پرونده فساد در پتروشیمی در فضای رسانهای فارسی پوشش زیادی داده شد.
یک حساب کاربری در توئیتر درباره کارفرمای مهدی خلجی نوشت:
منبع : حامیان ولایت
