به گزارش پایگاه خبری «حامیان ولایت» در سال ۱۲۵۸ خورشیدی "میرزا حسین‌خان سپهسالار قزوینی" صدراعظم ناصرالدین‌شاه قاجار که ایرانیان او را با امضای معاهده‌ی ننگین رویترز می‌شناسند، دستور احداث این مجموعه را صادر نمود. البته وی ۲ سال بعد در مشهد رخت از دنیا بربست و لذا برادرش یعنی یحیی‌خان مشیرالدوله این بنا را در مدت ۵ سال پس از آغاز ساخت، کامل کرد. طراحی این مسجد مدرسه‌ی زیبا بر عهده‌ی نخستین مهندس و معمار ایرانی یعنی ممتحن‌الدوله یا میرزا مهدی‌خان شقاقی بود. وی در فرانسه درس معماری را آموخت و پس از بازگشت خدمات متعددی از جمله طراحی بنای مذکور را به کشور عرضه داشت. همچنین معماری این مجموعه نیز برعهده‌ی استاد حسن معمار قمی بوده است.
بعد از اینکه استاد معمار فوت کرد، قسمت‌های ناتمام و همچنین بخش‌های باقی‌مانده از تزیینات توسط نائب‌التولیه‌های وقت تکمیل شد. از استاد جعفرخان معمار باشی کاشانی و حاج ابوالحسن معمار نیز به عنوان معماران اصلی مجموعه یاد می‌کنند. البته تغییر دادن در مسجد همچنان ادامه یافت و در در سال ۱۳۴۲ استاد حسین‌زاده لرزانی تغییراتی را در شبستان زمستانی این مجموعه ایجاد نمود و بلاخره در سال ۱۳۵۷ نیز مهندس سعیدی، گنبد اصلی را به طور کامل مرمت کرد.
عبدالحسین هژیر نخست وزیر وقت ایران در رژیم پهلوی در این مسجد ترور شد.